Коли черниця католицького монастиря в Архангельській області заявляє про вагітність близнюками, на місце прибувають кардинал Руссо і батько Фокс, фахівці з мертвих мов. Вони розшифровують стародавні джерела і дізнаються, що один з немовлят буде Месією, а інший - Антихристом. Рятуючи монахиню від бажаючого її вбити таємного ордена, священики біжать в Естонію і знаходять притулок в самотньому

Спеціальний агент загону «Місія нездійсненна» Ітан Хант та його колеги несправедливо звинувачені у причетності до вибуху Кремля. Президент ініціює «Протокол Фантом», у результаті якого спецпідрозділ ліквідовано, і Ітан залишається без підтримки. Він має намір очистити своє добре ім'я та запобігти новій атакі, але робити це йому доведеться разом із командою колег, справжніх мотивів яких він до