Санта-Клаус з вини «Мадагаскарської» компанії зазнає аварії і потрапляє на Мадагаскарський острів, отримана амнезія загрожує зриву урочистостей. Алекс, Марті, Мелман та Глорія беруть на себе доставку подарунків дітям. Заодно вони сподіваються повернутися до Нью-Йорка на санках Санти.

Детектив Девід Старскі – найдосвідченіший агент, який працює під прикриттям. Але він змінює партнерів як рукавички. Детектив Кен Хатчінсон все схоплює на льоту і приймає блискавичні рішення. Але часто такий поспіх призводить до провалу операцій. Шеф місцевої поліції вирішує об'єднати їх у команду та випустити на патрулювання міста.

Лев Алекс, зебра Марті, гіпопотаміха Глорія та жираф Мелман, а також король Джуліан, Моріс, Морт та Пінгвіни все ще намагаються повернутися до Нью-Йорка. Цього разу їхній шлях пройде Європою, де вони відкриють свій цирк.

Повне небезпек життя на Мадагаскарі не виправдало очікувань тварин, що звикли до комфорту Нью-Йоркського зоопарку - лева Алекса, зебри Марті, жирафа Мелмана та бегемотихи Глорії - і друзі вирішують втекти з острова. По випадковості всю компанію заносить до Африки, де Алекс зустрічає свою сім'ю, з якою він був розлучений у дитинстві. Несподівано для себе Алекс розуміє, що після життя в зоопарку у