Загублене в лісі американське містечко полонить кожного, кому не пощастило проїхати його по дорозі - залишити це місце виявляється буквально неможливо. Вдень мимовільні жителі намагаються збудувати подобу нормального побуту і знайти спосіб вибратися, а ночами рятуються від лякаючих мешканців лісу, які приходять відвідати городян, як тільки заходить сонце.

Поки армія машин намагається знищити Зіон, його жителі з останніх сил тримають оборону.

Борці за свободу Нео, Трініті та Морфеус продовжують керувати повстанням людей проти армії машин. Вони змушені використовувати не тільки арсенал чудової зброї, але і свої видатні навички. Участь у місії щодо рятування людської раси від винищення приносить їм глибше розуміння Матриці і усвідомлення центральної ролі Нео в долі людства.