Головний герой Ріггз чекає, як сподівається, сина від Лорни Коул, а Роджер - онука. Їм дали звання капітанів, вони вже відчувають вік, але без пригод жити не можуть. Якось детективи вирушають на рибалку, під час якої помічають корабель із китайськими біженцями.

Санта-Клаус з вини «Мадагаскарської» компанії зазнає аварії і потрапляє на Мадагаскарський острів, отримана амнезія загрожує зриву урочистостей. Алекс, Марті, Мелман та Глорія беруть на себе доставку подарунків дітям. Заодно вони сподіваються повернутися до Нью-Йорка на санках Санти.

Лев Алекс, зебра Марті, гіпопотаміха Глорія та жираф Мелман, а також король Джуліан, Моріс, Морт та Пінгвіни все ще намагаються повернутися до Нью-Йорка. Цього разу їхній шлях пройде Європою, де вони відкриють свій цирк.

Повне небезпек життя на Мадагаскарі не виправдало очікувань тварин, що звикли до комфорту Нью-Йоркського зоопарку - лева Алекса, зебри Марті, жирафа Мелмана та бегемотихи Глорії - і друзі вирішують втекти з острова. По випадковості всю компанію заносить до Африки, де Алекс зустрічає свою сім'ю, з якою він був розлучений у дитинстві. Несподівано для себе Алекс розуміє, що після життя в зоопарку у