Ця історія розповідає про чотирьох черепашок-мутантів, які стали ізгоями через вплив радіоактивного слизу. Вони приречені на загибель, але, на щастя, їх знайшов щурів-мутант на ім'я Сплінтер, який забрав малюків до себе і виховав їх як рідних синів. Сплінтер навчив черепашок мистецтву ніндзя, перетворивши їх на безстрашних воїнів, здатних захистити своє місто від зла. Протягом багатьох років

Четверо братів-черепів, які все життя ховалися від світу людей у ​​каналізаціях Нью-Йорка і навчалися ніндзюцу, вирушають на поверхню і намагаються жити як нормальні підлітки. За допомогою своєї нової подруги Ейпріл О'Ніл вони виходять на слід сумнозвісного злочинного синдикату та армії мутантів.