Місто потребує героїв. Темрява огорнула Нью-Йорк у вигляді Шреддера та його зловісного Клана Футов, який має залізний контроль над усіма, від поліцейських до політиків. Майбутнє виглядає похмурим, поки з каналізації не піднімається і не розкриває своє призначення четвірка знедолених братів - Черепашки-ніндзя. Черепашки повинні працювати разом із безстрашним репортером Ейпріл та її саркастичним

За підтримки недобитків Клана Фут та професора Стокмана Шреддер готує план втечі, який планує здійснити під час транспортування до іншої в'язниці. Ейпріл вдається видобути інформацію про втечу з файлів професора, але черепашки-ніндзя, що подоспели на оновленому фургоні-сміттєвозі, не змогли зупинити мутованого Шреддера, який в останній момент улизнув у них з-під носа за допомогою порталу,