Шон Девідсон, який втратив батьків та вихований учителем-японцем у традиціях ніндзя, приїжджає на міжнародний турнір карате. Зловмисники розробляють тут у секретній лабораторії смертоносний вірус, щоб випробувати його на переможці чемпіонату. Але американський ніндзя та двоє його друзів ламають лабораторію, рятуючи світ.

Дія відбувається на острові Святого Томаса в Карибському морі, куди американський найманець Джо Армстронг і сержант Кертіс Джексон прибувають для розслідування таємничого зникнення групи морських піхотинців. Він викрав піхотинців, щоб за допомогою генетики створити з них бійців - ніндзя. Пара шукачів пригод, на допомогу до яких приходить дочка місцевого вченого Алісія Санборн, борються з Левом і

Джо Армстронг, 18-річний рядовий філіппінського загону армії США, супроводжує військовий конвой, який зазнає нападу бандитів. В одному з них Джо дізнається чорного воїна-ніндзя. Обороняючись, він інстинктивно починає використовувати техніку ниндзюцу. Ця несподівано проявилася здатність викликає підозру у командира його загону та решт солдатів. Розплутуючи павутину інтриг, Джо залишається один у