Альтернативне майбутнє. В Англії після страшної епідемії невідомого вірусу, що призвела країну в хаос, встановлюється жорстока диктатура владного канцлера з усіма супутніми принадами: комендантська година, всевладдя членів партії над простими людьми і, звичайно, сотні таємних стукачів-інформаторів. Одного разу вночі в Лондоні з'являється борець за свободу, відомий як V, який починає партизанську

Поки армія машин намагається знищити Зіон, його жителі з останніх сил тримають оборону.

Борці за свободу Нео, Трініті та Морфеус продовжують керувати повстанням людей проти армії машин. Вони змушені використовувати не тільки арсенал чудової зброї, але і свої видатні навички. Участь у місії щодо рятування людської раси від винищення приносить їм глибше розуміння Матриці і усвідомлення центральної ролі Нео в долі людства.