За сюжетом Наруто садять у в'язницю під назвою «Кривава в'язниця» за замах на вбивство Райкаге та вбивство кількох синобі, і Наруто намагається довести свою невинність.

Команда №7 під керівництвом Ямато отримала місію схопити Мукаде. років до Наруто.

У світі Наруто непомітно пролетіли два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених синобі в ранзі тюніну та дняв. Головні герої не сиділи на місці - кожен став учнем одного з легендарних Саннін - трьох великих ніндзя Конох. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Дзірайї, поступово сходячи на новий ступінь бойової майстерності. Сакура висунулась у помічниці