Поки армія машин намагається знищити Зіон, його жителі з останніх сил тримають оборону.

Борці за свободу Нео, Трініті та Морфеус продовжують керувати повстанням людей проти армії машин. Вони змушені використовувати не тільки арсенал чудової зброї, але і свої видатні навички. Участь у місії щодо рятування людської раси від винищення приносить їм глибше розуміння Матриці і усвідомлення центральної ролі Нео в долі людства.

Життя Томаса Андерсона поділено на дві частини: днем ​​він - самий звичайний офісний працівник, який отримує наздоганяння від керівництва, а вночі перетворюється на хакера на ім'я Нео, і немає місця в мережі, куди він не міг. Але одного разу все змінюється. Томас дізнається жахливу правду про реальність.