За сюжетом Наруто садять у в'язницю під назвою «Кривава в'язниця» за замах на вбивство Райкаге та вбивство кількох синобі, і Наруто намагається довести свою невинність.

Наруто, Какаші, Сакура та Рок Лі отримують місію охороняти принца із Земель Місяця. Земля Місяця відрізняється своїм багатством, тому принц має намір купити все, що він зустрічає по дорозі. І коли по дорозі вони зустрічають цирк він купує там рідкісного вихованця, шаблезубого тигра, і всіх інших тварин на додачу. Тепер команда має наглядати не лише за принцом, а й за купою тварин.

Під час місії з упіймання тхора на Сакуру, Сікамару та Наруто нападають невідомі ніндзя. Наруто, розлучений зі своєю групою, дізнається про силу, яка не має нічого спільного з Чакрою, та про давню зниклу цивілізацію. Після возз'єднання зі своїми товаришами Наруто змушений почати боротьбу за порятунок всього світу.

У світі Наруто непомітно пролетіли два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених синобі в ранзі тюніну та дняв. Головні герої не сиділи на місці - кожен став учнем одного з легендарних Саннін - трьох великих ніндзя Конох. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Дзірайї, поступово сходячи на новий ступінь бойової майстерності. Сакура висунулась у помічниці

Минуло вже кілька років, як битва між привидами закінчилася. Наруто став великим воїном і довів усім, що навіть зі звіром усередині можна жити і бути лідером. Будучи сиротою, він усьому навчився з нуля, на відміну від свого сина Боруто. Хлопчик оточений любов'ю, у нього багато друзів, та й талантом він не обділений. Хлопець - лідер за вдачею і весь час нехтує роботою в команді, відрізняється