Людина в масці, представлена ​​глядачеві як Учиха Мадара, вирішує заволодіти силою дев'ятивостого, для чого проникає в Коноху, де стикається з Наруто та Сакурою. За допомогою сили очей використовує техніку «Цукіомі», яка занурює героїв у паралельну реальність, де все навпаки, батьки Наруто живі, Сакура дочка героїв села, Саске нікуди не йшов, Акацьки захищають Коноху, і все здається ідеальним.

Під час місії з упіймання тхора на Сакуру, Сікамару та Наруто нападають невідомі ніндзя. Наруто, розлучений зі своєю групою, дізнається про силу, яка не має нічого спільного з Чакрою, та про давню зниклу цивілізацію. Після возз'єднання зі своїми товаришами Наруто змушений почати боротьбу за порятунок всього світу.